最全生存分析网页版工具,你掌握了几栽?

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想钻研疾病OS,PFS,DFS?

想钻研预后如何制作生存弯线?

百味芝士今日为你盘点几款生存弯线制作手段。

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第一款:Kaplan-MeierPlotter数据库

★★★★☆

Kaplan-Meier Plotter数据库这是今天选举首款生存弯线制作手段,官网(http://kmplot.com/analysis/),它是长的这个样子的。

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咋一望,Kaplan-Meier Plotter数据库益像只能钻研6个癌栽,幼编之前也犯了同样的舛讹,“pan-cancer”(pancreatic cancer,胰腺癌像不像?)。其实,“pan-cancer”是画中有画,不信咱掀开瞧瞧!

先望望mRNA外达谱,还有不下20个癌栽可供钻研,而主页上面的五个癌栽的新闻是比较详细的。同样,也能够查望miRNA外达谱的“pan-cancer”,包含的癌栽也有20栽。

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Kaplan-Meier Plotter数据库的数据来源于GEO(仅限Affymetrix微阵列),EGA和TCGA,弱点是每个数据库每两年更新一次。走首来~

点击癌栽“Lung Cancer”,左上的搜索框输入“KRAS”,默认参数。

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  下拉页面,点击“Draw  Kaplan-Meier Plotter”,浅易强横,出图!

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末了,吾们望望参数竖立吧,在“survival”这边能够选择患者的总生存期(OS)、首次挺进生存期(FP)、再次挺进生存期(PPS)。而对于随访时间的尽头也能够竖立,在“Survival”菜单下面的“Follow up threshold”内里。

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    接着,望望其他参数竖立,左上角是探针竖立,按照本身的钻研选择迥异的探针。病理参数内里能够竖立病理类型、分级、分期、T、N、M、性别、吸烟史。在治疗分组中,也能够望迥异治疗的预后。而数据集内里也囊括了TCGA以及GEO的芯片数据。末了的COX分析也能够选择单因素和多因素分析。

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    经由过程参数竖立,吾们能够分析迥异亚组、迥异病理参数、迥异治疗模式、迥异数据集的患者预后,由此也望出来Kaplan-MeierPlotter数据库的兴旺。

第二款:SPSS柔件

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SPSS柔件制作生存弯线是最经典的做法,只要你有数据就能做,就是不熟识SPSS的孩纸会感觉稍稍复杂。直接上数据吧!伪定:分组新闻(0矮外达;1高外达)、存活状态death(0存活;1物化亡)、生存时间time(月)。

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数据录入完善后,挨次点击分析→生存函数→Kaplan-Meier

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参数竖立:time-时间,death-状态,点击定义事件(尽头时间竖立为1物化亡)

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竖立检验统计量:对数秩、Breslow

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选项内里点击生存函数

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直接出图!自然,这个图在SPSS中能够进走浅易修改,能够试一试!

 

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第三款:GraphdPadPrism柔件

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GraphdPad Prism柔件是一款超级益用的专科医学绘图柔件,在医药生物周围被普及行使,拥有ROC弯线分析、Bland-Altman分析功能以及GraphPad Prism的线性/非线性拟相符功能,于是,制作生存弯线对它来说只是幼菜。

最先,录入数据,仔细它与SPSS的输入区别,即实验组(EXP)和对照组(CON)输入在迥异的两列中。

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点击Graphs中的Data 1,右侧即表现制作益的生存弯线。

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调色:鼠标双击其中一条弯线,更改颜色后点击OK。

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下面是更换颜色后的图,望着还不错~

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图还走,貌似弱点东西,P值!点击菜单栏中“Analyze”,选择“survival curve”,然后点击OK。

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直接查望P值及其他数据。相比SPSS来说,略显麻烦,但是对图形的修改,还算不错,有机会下次为行家推送GraphdPadPrism。

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第四款:UALCAN网站

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UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)主要是基于TCGA数据库中的有关癌症数据进走分析的网站,操作照样是浅易强横,先望主页。

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最先外演了~抖一下“Analysis”,方框内里按照必要更改。

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点一下“Explore”,不息点“Show all gene expressionin same page”,别停!接着点“Survival”,完事儿!

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话说这图出的真惊喜,不息益几张(不试懊丧)!必须给五星!

 

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第五款:GEPIA网站

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GEPIA在百味内里推送过~,官网(http://gepia.cancer-pku.cn/)

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收索框中输入基因,点击“Survival Analyze”。

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跳转页面,在下图红框内里选择一个肿瘤患者数据集,比如“LUAD”。

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点击下方“Plot”,出图~666。

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第六款:cbiportal网站

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这个网站(https://www.cbioportal.org/)行家太熟识了,不再多说!点击链接直接查望推文:懒人如何分析TCGA数据之cBioportal网站。

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第七款:Oncolnc网站

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既然是“Party”,那就再来介绍一个网站益了!OncoLnc,也是一款基于TCGA数据预后分析网站,官网网址:http://www.oncolnc.org/。

 

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输入基因名:能够是基因名,也能够输入mRNA,microRNA和lncRNA。

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点击“Submit”后,查望效果~页面如下,表现了肿瘤类型、回归系数、P值、基因外达程度等参数。

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比如选择肺腺癌后,点击“Yes Please!”在这个页面比如选择矮位4分位和高位4分为的外达量,也就是25:25,自然,也能够选择50:50也就是取中位数。

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点击挑交,生存弯线就做益了,直接导出PDF保存。

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下拉页面,保存生存分析的数据,分析终结。

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第八款:R柔件

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R说话做生存弯线行为今天的压轴手段,在这边以TCGA数据库中的数据为例,分析迥异基因外达情况与患者的生存有关。

最先用hash函数从矩阵normalizeExp.txt中挑取TOP2A的基因外达量。

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将基因外达量与生存文件time文件整相符

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survival函数制作生存弯线

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出图~学会了吗?

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纵不益看这些柔件或数据库,都势均力敌,按照必要,能够肆意选择。幼编今天总结了常见的制作生存弯线的八栽手段,然而,制作生存弯线的手段远不止这些,幼友人们,跟帖吧~

 


posted @ posted @ 21-01-24 09:23  admin  阅读量:

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